Προθερμαίνουμε το φούρνο στους 200C. Τοποθετουμε τα κομμάτια παντζαριού και κολοκύθας σ' ένα ταψί και τα ραίνουμε με ελαιόλαδο προσθέτωντας και τα κλωνάρια θυμαριού. Προσθέτουμε αλάτι και φρεσκοτριμμένο πιπέρικαι τα αφήνουμε να μαγειρευτούν για 20-25' μέχρι να μαλακώσουν. Προσέχουμε να αφαιρέσουμε τα κλωνάρια θυμάρι μετά από λίγη ώρα γιατί καίγονται αλοιώνοντας τη γεύση.

Στο μεταξύ ζεσταίνουμε το βούτυρο σε μια κατσαρόλα και ψήνουμε τα μήλα για 5'  ή μέχρι να πάρουν χρυσαφί χρώμα. Προσθέτουμε τα ψημένα πατζάρια, την κολοκύθα και το ζωμό και μαγειρεύουμε για 10'. Περνάμε τη σούπα μας από μπλέντερ μέχρι να γίνει βελουτέ. Δοκιμάζουμε για να δούμε αν χρειάζεται αλάτι ή πιπέρι και προσθέτουμε κατά βούληση. Σερβίρουμε με γιαούρτι, φύλλα φασκόμηλου και φουντούκια